【文献解读】聚焦USP37- HLTF通路:BRCA缺陷肿瘤治疗发现潜力靶点

去泛素化酶USP37抑制HLTF,癌症耐药有解了

PARP抑制剂(PARPi)顺利获得合成致死效应显著改善BRCA突变肿瘤疗效,但耐药性(如同源重组恢复或复制叉稳定化)导致50%以上患者治疗失败。

近期,《NUCLEIC ACIDS RESEARCH》在线发表了题为"USP37 counteracts HLTF to protect damaged replication forks and promote survival of BRCA1-deficient cells and PARP inhibitor resistance"的研究论文。本研究顺利获得全基因组CRISPR筛选鉴定出去泛素化酶USP37为BRCA1缺陷细胞是否存活的关键因子。首次发现USP37基因敲除细胞在BRCA1缺陷时出现合成致死效应,并揭示其顺利获得稳定复制叉克服包括53BP1缺失在内的多类型耐药机制。

USP37 counteracts HLTF to protect damaged replication forks and promote survival of BRCA1-deficient cells and PARP inhibitor resistance

原文链接:DOI: 10.1093/nar/gkaf544

文章亮点

1. 创新靶点发现:

首次建立USP37缺失与BRCA1缺陷的合成致死关系,并顺利获得双基因敲除模型验证;

2. 临床耐药突破:

USP37缺失可同时逆转HR修复恢复(53BP1缺失)和复制叉稳定化导致的PARPi耐药;

3. 治疗靶点验证:

USP37酶活是维持ATR抑制下细胞存活所必需的,为药物开发给予明确方向。

01
CRISPR筛选揭示USP37-BRCA1合成致死效应

基于TKOv3慢病毒文库的全基因组CRISPR筛选技术,研究人员在BRCA1可诱导耗竭的HeLa细胞模型中,结合奥拉帕尼(PARPi)处理进行筛选。

筛选结果表明,USP37敲除导致BRCA1缺陷细胞的存活率降低超60%,并使其对奥拉帕尼的敏感性增强4倍。值得注意的是,即使在单纯耗竭BRCA1而未加药的情况下,USP37缺失也足以诱发显著的细胞死亡。为验证这一关键表型,研究人员构建了USP37 KO/BRCA1 mAID-HeLa双敲细胞模型,成功证实了该合成致死效应的可重复性。

BRCA1缺陷细胞中USP37缺失对细胞存活率的影响

图 1. BRCA1缺陷细胞中USP37缺失对细胞存活率的影响

02
USP37缺失引发复制叉灾难性崩溃

顺利获得DNA纤维分析(IdU/CldU双标记)和羟基脲(HU)诱导复制应激,研究人员深入探究了USP37缺失的分子表型。

在DNA损伤表征方面,BRCA1缺陷的USP37敲除(KO)细胞中,γH2AX焦点数量增加3.5倍;经PARPi处理后,该数值进一步升至5倍。微核形成率分析显示,USP37 KO使BRCA1缺陷细胞的微核率从8%上升至35%。

更重要的是,DNA纤维实验评估复制叉稳定性发现,BRCA1缺陷本身导致表征新生DNA长度的CldU/IdU比值降低40%,表明新生DNA降解;而USP37敲除使该比值进一步降至28%,证实了复制叉保护功能的丧失。关键对照实验显示,RAD51灶形成无差异,排除了同源重组修复途径参与此过程的可能性。

USP37缺失对BRCA1缺陷细胞基因组不稳定性和复制叉稳定性的影响

图 2. USP37缺失对BRCA1缺陷细胞基因组不稳定性和复制叉稳定性的影响

03
USP37-RPA去泛素化维持复制叉完整性

为阐明分子机制,研究人员进行了免疫共沉淀(Co-IP)和体内去泛素化实验。

Co-IP实验证实Myc-USP37能够下拉SFB-RPA1、RPA2和RPA3,表明USP37与RPA复合物存在直接相互作用;

去泛素化功能分析显示,表达野生型USP37(WT)能使RPA2-泛素结合物水平减少70%,而催化死亡突变体USP37 C350S则无此效应;相应地,在USP37 KO细胞中RPA2泛素化水平增加了2倍;

酶活依赖性验证实验进一步证实,回补野生型USP37能够完全恢复因USP37缺失导致的细胞对ATR抑制剂(ATRi)敏感性,并降低染色质上RPA的负载量,而回补催化死亡突变体C350S则无法挽救这些表型。

USP37酶活依赖性的功能验证

图 3. USP37酶活依赖性的功能验证

04
USP37-HLTF拮抗轴调控复制应激响应

顺利获得在USP37基因敲除细胞中进行二次CRISPR筛选,研究人员确定HLTF是挽救该表型的关键基因。

机制上,BrdU免疫荧光检测显示,USP37 KO导致羟基脲诱导的复制叉反转(BrdU灶)增加了三倍。这一效应使USP37缺失导致复制叉反转增加的USP37/HLTF双敲除(DKO)细胞被恢复到正常的野生型水平。

功能上,在BRCA1缺陷细胞中,敲低HLTF使得USP37 KO细胞在PARP抑制剂处理后的存活率提高了50%。

以上研究表明,USP37顺利获得限制HLTF在复制叉上的积累,维护复制叉稳定性,防止复制叉降解,从而减少双链断裂。

HLTF缺失对USP37缺失细胞表型的挽救效应

图 4. HLTF缺失对USP37缺失细胞表型的挽救效应

总结与展望

本研究深入探讨了USP37在复制叉稳定性中的关键作用,首次揭示了其顺利获得双重机制保护复制叉:去泛素化RPA以避免复制叉的过度稳定化,以及顺利获得拮抗HLTF的功能来防止复制叉反转。

未来,进一步深入研究USP37与HLTF在染色质上的相互作用机制,将有助于揭示其在DNA修复过程中的精确分子调控,为相关疾病的治疗给予理论依据和实践方向。

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